Церковь во имя пророка Божия Илии была построена Архиепископом Рязанским в 1612 году. Изначально церковь была деревянной, в ней хранилось много рукописных богослужебных книг: Псалтырь, Служебник, Часовник, Синодик, Минея общая, Устав, Апостол.
В 1740 году деревянную церковь сменило новое кирпичное здание, но оно быстро было разобрано, и в 1818 году началось строительство уже нового кирпичного храма.
Существует интересное предание у Ильинской церкви. После победы русского народа в Отечественной войне 1812 г., разоренная страна ставила памятники своей Великой победе, конечно же, не остался в стороне и маленький Зарайск. Считается, что в городе таким монументом в память о победе в Отечественной войне стала именно Ильинская церковь.
Церковь удалось восстановить благодаря щедрым пожертвованиям прихожан. Среди них были зарайские купцы Шолоховы, родственники писателя М.А. Шолохова. Вследствие такого меценатства церковь имела богатое внутреннее убранство.
Ильинская церковь считалась аристократической и была богато оформлена внутри. Широкая трапезная соединяла с храмом трехъярусную колокольню. В трапезной освящены два придела: Никольский и Казанский. В 1860 году историческая часть Зарайска, а вместе с ней и Церковь Илии Пророка, пострадала от сильнейшего пожара, однако удалось сохранить приделы и колокольню.
Каждая церковь в городе имела свое предназначение. Как было уже сказано выше, Ильинская церковь считалась аристократической и предназначалась для посещения представителями знатных сословий, также здесь проводили крупные христианские обряды – крещение, венчание и поминальную службу. Одной из особенностей храма являлось то, что служба проводилась только по выходным, а сам приход был небольшим и насчитывал всего около 40 человек.
Богослужения в храме прекратились в конце 30-х годов ХХ века. В советское время памятник долгое время находился на территории станкостроительного завода и использовался под цеха.
В 1996 году храм был возвращен верующим, в нем начались работы по восстановлению крыши, фасада, иконостаса, колокольни и теплой трапезной. За сравнительно короткое время церковь неузнаваемо изменилась. Долгое время она находилась в состоянии реставрации и восстановления, и, наконец, жители и гости города дождались, церковь стала доступной для посещения, здесь проходят службы и литургии.
Город верит, что после окончательного завершения восстановительных работ, Ильинская церковь превратится в настоящую жемчужину архитектуры…